새 작업 시작하기

이 문서에서는 Docking of Millions에서 새 작업을 시작하는 방법을 설명합니다.

1. Job description 입력하기

이름 및 설명을 입력합니다. 이름은 최대 50자까지 입력 가능합니다.

2. Protein selection 입력하기

표적 단백질 구조와 바인딩 사이트 정보를 입력합니다.

2-1. 단백질 선택하기

• DATA SOURCE를 클릭하여 단백질을 불러올 곳을 선택합니다.

  • My Targets: 나의 작업 공간에 등록된 표적 단백질 [My Targets 등록하기로 이동]

  • Database Targets: AD3 내에서 제공하는 표적 데이터베이스

• TARGET SELECTION: 원하는 표적을 검색하거나 선택합니다.

• STRUCTURE SELECTION: 표적 단백질의 구조를 선택합니다.

2-2. 바인딩 사이트 입력하기

• SITE SELECTION: 바인딩 사이트를 선택합니다.

  • Status:

    • known_auto: 이미 결합이 보고된 바인딩 사이트입니다.

    • predicted: AD3의 단백질 구조 기반 예측을 통해 결합 가능성이 높은 것으로 계산된 바인딩 사이트입니다.

  • Probabilty: 해당 바인딩 사이트가 실제 결합 위치일 확률입니다. known_auto의 경우 항상 1.000으로 표시됩니다. AD3의 Site 앱을 활용하여 바인딩 사이트를 예측할 수도 있습니다.

  • Residues: 해당 바인딩 사이트의 잔기(residues) 위치를 나타냅니다. 선택된 잔기의 중심을 기준으로 분자의 결합 위치가 정의됩니다.

• RESIDUE SELECTION: 잔기(residue) 번호를 직접 입력하거나, 위의 SITE SELECTION에서 선택한 번호를 수정할 수 있습니다.

입력이 완료되면 STRUCTURE AND RESIDUES의 Mol* 뷰어를 통해 단백질 구조와 선택한 잔기(residue)가 어떻게 표시되는지 확인할 수 있습니다.

3. Screening Options 입력하기

• SCREEN DATA를 클릭하여 스크리닝에 사용할 화합물 라이브러리를 선택합니다.

  • Enamine Screen (4.2M): Enamine사의 Screening Collection으로, 즉시 구매 가능한 화합물 라이브러리입니다. (약 420만 개의 화합물)

  • Enamine Diversity Set (48.2M): Enamine사의 REAL Diversity Set으로, 합성을 통해 구매할 수 있는 화합물 라이브러리입니다. (약 4,820만 개의 화합물)

4. 제출하기

모든 입력이 완료되면 SUBMIT 버튼을 눌러 제출합니다. 실행 시간은 약 100시간이며, 화합물의 크기에 따라 달라질 수 있습니다.